分子生態(tài)學是應用分子生物學的原理和方法來研究生命系統(tǒng)與環(huán)境系統(tǒng)相互作用的生態(tài)機理及其分子機制的科學。分子生態(tài)學（Molecularecology）是生態(tài)學與分子生物學相互滲透而形成的一門新興交叉學科，形成于20世紀70年代末至80年代初。分子生態(tài)學是應用分子生物學的原理和方法來研究生命系統(tǒng)與環(huán)境系統(tǒng)相互作用的生態(tài)機理及其分子機制的科學。其研究內容包括種群在分子水平的遺傳多樣性及遺傳結構、生物器官變異的分子機制、生物體內有機大分子對環(huán)境因子變化的響應、生物大分子結構、功能演變與環(huán)境長期變化的關系以及其他生命層次生態(tài)現(xiàn)象的分子機理等。